３０分未満を切り捨てて残業代を計算してはいけないのでしょうか？

いいえ、ダメです。

結労働時間の把握は１分単位で行わなければなりません。

ただし、通達（Ｓ63.3.14　基発150号）により、次のような取り扱いは認められています。

  1. １ヶ月における時間外労働、休日および深夜業の各々の時間数の合計に１時間未満の端数がある場合に、３０分未満の端数を切り捨て、それ以上を１時間に切り上げること
  2. １時間当たりの賃金額および割増賃金額に円未満の端数が生じた場合、５０銭未満の端数を切り捨て、それ以上を１円に切り上げること
  3. １ヶ月における時間外労働、休日労働、深夜業の各々の割増賃金の総額に１円未満の端数が生じた場合、2.と同様に処理すること

つまり、切り捨てていいのは、毎日の時間を１分単位で集計して１ヶ月の合計時間を出したときに３０分未満の端数があった場合だけということになります。